施行規則確認しましたが、かけてから割るので、被合併法人分は端数でないですね。
"当該事業年度開始の日から六月の期間のうちその適格合併の日以後の期間の月数を被合併法人の確定課税標準額に乗じて当該確定課税標準額の計算の基礎となつた事業年度の月数で除して計算した金額"
これで所得割の中間納付額も間違えました。はあ