以下、ブログに書いたコメントです。（承認待ち）
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はじめまして
いきなりで失礼かもしれませんが、
本職の方なので大丈夫なのかなと心配になり
コメントさせていただきました。

多分、事業所得と不動産所得がある場合の
青色申告特別控除の認識が間違っていると思います。

まず一つ目は、
青色申告特別控除は不動産所得、事業所得の順に控除すると思います。

二つ目は、
不動産所得から控除する金額は、
事業的規模があるないに関わらず65万円
（もちろん控除前不動産所得の金額を上限に）
だと思います。

以上のことは他の青色申告特別控除の条件（複式簿記だとか）を満たしていることが大前提です。

今年の確定申告にはもう間に合わないかもしれませんけど、
念のため条文とお客さんの申告書（過去の分も含めて）を確認してみた方がいいと思います。

又、現在「青色申告特別控除 不動産所得 事業所得」で検索すると
7番目にこのブログが出てきます。
プロの方が書いているブログなので、
一般の方が同じ過ちを犯す可能性があり心配です。（私もあやうく・・・）
間違いが判明しましたら一刻も早く訂正の記事や注意書きをした方がいいかもしれません。
結果報告お待ちしています。