コミスタで新規作成すると、自動的に各ページに下書きレイヤーとラスターレイヤーが1枚ずつ置かれると思うのですが、
違うレイヤーに変更することはできないのでしょうか？

下書きレイヤーは特に使う事もなく、ラスターも終盤にしか使わないので、可能なら指定した名前のフォルダーとベクターレイヤーを設置するようにしたいのですが…