「後付け」に入れていいのか迷うが、コナンのアリバイ偽装が看破されたわけでもないのに、
蘭にあっさりと「なかったこと」にされること。

例、
1:蘭「コナン君って新一に似ている。もしかして同一人物なんじゃ…?!」
2:阿笠博士やキッドの協力などで「コナンと新一は同時に存在する」場面が作られ、蘭の予想は勘違いと本人も納得。
3:その後、蘭は「2」の工作の真相に気がつくことはない。
4:「1」に戻る

いや、だから「A≠B」が一度でも成立したら、いくら似ていても別人に決まっているだろ。(実際はA≠Bは誤りだが蘭視点で)
せめて蘭が「これなら他人が新一に偽装できる」とか思いついて主張する描写入れろよw