怪我防止でトレ終了後のほうが良いと思うよ
途中で挟むと脳が疲れて運動中の思考力が大きく低下するので怪我しやすい
自分がコーチであれば、トレ途中で脳トレを取り入れる時はまたアップをやり直しさせる
又は15分以上の休憩後にレクレーション的に別の種目をやらせる
格闘家なら卓球やバドミントンをやるのが良いね