今後の参考になればと簡単にまとめてみた。

サイコンの電源を切った状態でPCに接続。
俺のPCではUSB3.0ポートだと安定せずUSB2.0ポートにつないだら外付けドライブとして認識した。
ログは\iGPSPORT\Activities　の中にfit形式で保存されているので直接取り出せる。
ルートを直に取り込む場合は\iGPSPORT\Courses　の中にgpxを入れると、起動したときにclmとかtcnxファイルを生成してくれる模様。