椎名高志(GS美神 極楽大作戦!!の作者)の『(有) 椎名百貨店』に載ってる短編漫画に、『長いお別れ』というのがある。
平成2年頃少年サンデーに掲載されている。
wikiから引くと、

タイムトラベルを素材にしたギャグコメディ。30ページ。神社で巫女のバイトをしている加代子と、同じく社務所でバイトしているボーイフレンドの凡能くん。
その神社に考古学者の柳国と名乗る男が、ある目的を持って現れる。
その時、彼ら一同の前に出現したのは、遠い昔の(本職の)巫女さんとロボットの土偶羅魔具羅(ドグラマグラ)、そして一頭の竜であった。

とあるんだが、君の名は。の元ネタの一つになっているような気がする。