「エッジ・オブ・オーシャン」。
サミットが開催される5月1日にはおよそ2万人もの警察官が出動するという超巨大施設で、大規模爆破事件が発生！
そこには、全国の公安警察を操る警察庁の秘密組織・通称「ゼロ」に所属する安室透の影があった。
秘密裏に動く安室の謎の行動に違和感を禁じ得ないコナン。
現場の証拠品に残された指紋から犯人はかつて
警視庁に在籍していた毛利小五郎と断定されてしまう！
小五郎の逮捕を巡って安室と敵対し始める
コナンは過去に安室が容疑者を自殺に追い込んだ事があるという奇妙な事件の話を聞く。
そして小五郎の起訴が決まろうとしたその時、
厳戒態勢の東京都内で、同時多発的に不可解なテロが勃発！
事件に隠された陰謀にコナンと公安警察が近づく中、サミット開催の日は大型無人探査機
「はくちょう」が火星での任務を終え、地球に帰還する日でもある事が判明する。
果たして、迫るXデーに何が起ころうとしているのか？
謎の存在・安室透は、敵なのか、味方なのか？
