君の名は。での花とアリスやカレカノ、パト2なんかのオマージュは監督の発言有無に関わらず問題視されてないでしょ？
虹ほたのふるさとや他の作品でみられるオマージュも含め、元ネタとして楽しめばいい

でも時かけまんまのコンテを切っといて「被っちゃったけどまあいいや」と自分のアイデアだと主張しちゃってるし
虹ほたからのトレース箇所が残ったまま特典映像や絵コンテ集として販売してる時点で内部資料なのでOKとは言えないのでは？
この2点に関しては問題があるんじゃないか？

少なくとも他作品からのトレース箇所が残ったままの絵コンテを個人的には見たことがない
これはどうなんだ？と思って問合せもしたが回答はもらえてない