販売価格の売上を収入
手数料などを経費にして
実際の入金額と釣り合えばおけ

5000円の売上があってうち手数料が10％とかなら
売上金額が出た日に
売掛金　5000／　売上　5000
と記帳して入金が来たら
普通預金　4500／売掛金　5000
支払手数料　500
にすればいい