太陽系離脱に傾倒する中央委員会をよそに、ハルオたちは前回の対ゴジラ戦術にシティを組み込んだ新戦術を立案し、
パワードスーツを改良した新兵器「ヴァルチャー」の設計や、ゴジラ・アースへの止めとして用いる
「EMPプローブハープーン」の開発など準備を進めるが、地下で自己増殖を続けるナノメタルを見たハルオは
ナノメタルへの強い不安を抱き始め、さらにナノメタルに不信感を持つ地球人の兵士たちがナノメタルを使ってシティと同化していく
ビルサルドの姿を目撃して騒ぎ出すという事件が起きる。ビルサルドと地球人の間に齟齬が生じる中、
熱光学遮断フィールドが解除されたことでシティを発見したゴジラ・アースが進攻を開始する。
ヴァルチャーの本格的な量産もまだという不完全な状態で作戦開始を迫られたハルオは、
ユウコとかつての教官リルエル・ベルベとともに先行開発されていたヴァルチャーに乗り込み、ゴジラ・アースの誘導を行う。
その間に準備を整えたガルグたちは、ゴジラ・アースの足元をナノメタルで固定してEMPプローブハープーンを撃ち込むが、
ゴジラ・アースは高熱波を発生することでプローブを溶解させたうえ、シティを全身からの超高熱波で包み込む。
シティが崩壊の危機に直面する中、ガルグらビルサルドはナノメタルを纏ってシティと同化したうえ、
ヴァルチャーを特攻兵器とするためにハルオやユウコにも強制的にナノメタル強化を施そうと目論む。
それを拒絶したマーティンら地球人がシティから脱走し、辛くもフツアの鱗粉によって浸食を免れたハルオは、
メトフィエスによる説得とガルグによる主張の間で苦悩するが、苦しむユウコを救うためにガルグたちのいる管制ルームを破壊する。
その直後、ハープーンを完全に無力化したゴジラ・アースの熱線によってシティは完全に破壊され、
ハルオはヴァルチャーからユウコを救出するが間に合わず、変わり果てた彼女を抱きしめながら慟哭どうこくする。

星を喰う者
メカゴジラシティの陥落後、ユウコは脳死状態と判定され、ハルオは自らの選択の結果に打ちひしがれる。
一方、メトフィエスはハルオがナノメタルの侵食を受けなかったのは神の加護によるものだと説き、
ハルオを神に選ばれた英雄と祭り上げることで、メカゴジラシティの敗北で絶望した生存者たちの大半を信者に引き込むことに成功する。
ハルオは、自らを含む幾人かが侵食を免れたのはフツアの治療によるものであると訴えるが、メトフィエスはそれを承知の上で信者を増やし、
自分たちが崇める神を呼び出す準備をしていることを告白する。
ハルオのメトフィエスへの不信感が募る中、アラトラム号ではメカゴジラシティの一件によって種族間の対立が深刻化する。
ビルサルドは実力行使でアラトラム号の動力室を占拠し、同胞を殺めゴジラ撃滅の好機を逃したハルオの極刑を要求する。
その情報を受け取ったハルオは、マーティンの提案で対立が鎮静化する時間を稼ぐために敢えてフツアの隠れ家に身を隠し、
その中でミアナ及びマイナと交流して、生き残って命を繋げば勝ち、死んで消えれば負けというフツアの価値観を知る。
そしてハルオはかつてゴジラ・アースに敗れた自分を助けて治療した真の恩人であり、
想いを寄せるが故にハルオが死ぬことを恐れるマイナと結ばれる。
しかし同じころ、メトフィエスは自身を怪しむミアナを捕らえた上で信者たちとともに神を呼び出す準備を着々と進め、
遂にエクシフが神と崇める高次元怪獣「ギドラ」を降臨させる。ギドラは信者となった生存者たちを生け贄として喰い尽くし、
この宇宙の法則に囚われないが故に機械に観測されない超常的存在としてアラトラム号の近辺に出現する。
アラトラム号は時空間を歪めるギドラの前に何が起きているか理解できないまま撃沈され、そのままギドラは地上に出現し、
迎撃に現れたゴジラ・アースをも圧倒する。ギドラの力を目の当たりにしたハルオは、
エクシフの真の目的を知るためにメトフィエスと対峙する。